Năm Minh Mạng thứ 21(1840), cụ Phó bảng Nguyễn Dục cùng với chức sắc và các vị văn thân trong huyện Hà Đông (sau đổi thành phủ Tam Kỳ) thành lập Văn hội Nho học và xây dựng Văn Thánh ở làng Chiên Đàn (nay là xã Tam Đàn, huyện Phú Ninh) để thờ các Bậc khai sáng đạo Nho cùng các Tiên Nho đất Việt. Địa điểm này là nơi sinh hoạt của nho sĩ địa phương, đồng thời cũng là nơi giảng sách, bình văn và chọn sĩ tử đi thi cho cả vùng

Qua nhiều lần trùng tu, rồi đến chiến tranh cùng với sự tàn phá của thiên tai, Văn Thánh Chiên Đàn không còn. Cuối năm 1954, Hội cổ học Tam Kỳ (hậu thân của Văn hội Nho học Hà Đông) đã mượn ngôi đình làng cũ Chiên Đàn để tạm làm nơi thờ phụng đạo Nho như trước.

Tháng 3 năm 1963, Hội Cổ học Tam Kỳ và Thăng Bình đã thành lập “Ban kiến thiết Khổng Miếu” và huy động đóng góp từ nhiều nơi để xây tại một khoảng đất rộng lớn, gần đường quốc lộ, thuộc làng cũ Mỹ Thạch, xã Kỳ Hương (nay là phường Tân Thạnh, thành phố Tam Kỳ) một cơ sở sinh hoạt Nho học thay thế Văn thánh Chiên Đàn đã mất dấu. Khổng Miếu (tên mới) được khởi công xây dựng vào tháng 6 năm 1963 và khánh thành vào tháng 7 năm 1970.

Trong quá trình tân tạo, những bia đá, nội dung câu đối cùng các di tích còn lại từ Văn Thánh Chiên Đàn đã được chuyển vào Khổng Miếu Tam Kỳ.

Sau ngày miền Nam giải phóng, cụm di tích này được tu bổ thêm và gộp tên gọi thành “Văn Thánh- Khổng Miếu”.

Năm 2006, di tích Văn Thánh- Khổng Miếu Tam Kỳ được Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch công nhận là “Di tích kiến trúc nghệ thuật cấp Quốc gia”.